L’association est l’héritière de la Société d’Horticulture Pratique du Rhône qui a été créée en 1844 par des amateurs éclairés et de grands noms de l’horticulture lyonnaise. Parmi les 47 membres fondateurs on relève les noms de Seringe, directeur du Jardin des Plantes, et d’horticulteurs créateurs de nouvelles variétés :
- Luizet pour les arbres fruitiers, J.B. Guillot et F. Lacharme pour les roses,
- Rivière pour les pivoines,
- Morel pour les clématites et les arbustes d’ornement,
- Boucharlat pour les pélargoniums, les fuchsias et les chrysanthèmes.
La Société d’Horticulture Pratique du Rhône organisait notamment chaque année une exposition au cours de laquelle étaient organisés des concours de plantes, de fruits et de légumes qui attiraient à Lyon des horticulteurs français et étrangers.
La Société Lyonnaise d’Horticulture a été reconnue d’utilité publique en 1922.